El monestir de Sant Pere de Casserres, l'únic de l'ordre benedictí a Osona, va ser erigit sota el patronatge de la família vescomtal osonenca. La promotora fou la vescomtessa Ermetruit, quan l'any 1006 comprà el domini alodial de Casserres al comte Ramon Borrell de Barcelona, amb la intenció de construir-hi un monestir dedicat a Sant Pere.
Amb anterioritat a la construcció del monestir, hi havia en aquest indret un castell termenat documentat des del 898, amb una capella dedicada a sant Pere, que els vescomtes decidiren convertir en monestir.
Una antiga llegenda diu que el monestir de Sant Pere de Casserres fou fundat pels vescomtes d'Osona i Cardona sobre les relíquies d'un infant dels vescomtes que es conservà momificat, el qual, tres dies després d'haver nascut, va parlar i va dir que no viuria més de trenta dies i que un cop mort el seu cos fos posat dins d'una arca tancada, sobre una mula. Allà on s'aturés l'animal s'havia d'edificar un monestir sota l'advocació de sant Pere. Les relíquies d'aquest infant van ser molt venerades al monestir i quan hi havia sequera es baixava en processó fins al Ter i es mullava l'arca que contenia el nen, en les aigües del riu.
A partir del 1012 començà a haver-hi vida comunitària, si bé fins al 1050 l'església monàstica no fou consagrada. Després dels primers abats, Casserres baixà aviat a la condició de priorat, segurament per no poder mantenir els dotze monjos necessaris per a continuar essent abadia. Aquest monestir va perdre la independència quan, el 1079, va ser unit al gran monestir de Cluny pels vescomtes d'Osona i Cardona, els seus fundadors, per tal d'assegurar-hi la vida monàstica regular. Aleshores Sant Pere de Casserres es convertí en un priorat dependent d'aquest monestir i va esdevenir el centre administratiu de les possessions de Cluny a Catalunya, les quals estaven formades pels petits priorats de Sant Ponç de Corbera i Sant Pere de Clarà, entre altres.
Més endavant, al segle XIII, la comunitat augmentà amb alguns preveres que volien viure sota la regla, i alguns donats, de vegades matrimonis, però mai no va passar de dotze o tretze persones, i els segles XIV i XV la vida comunitària va decaure de tal manera que a finals del segle XV només hi havia dos monjos a Casserres.
Els fundadors, vescomtes d'Osona i Cardona, i altres famílies nobles de la comarca com els Tavertet, els Cabrera, els Savassona o els Sau, s'interessaren pel monestir fins avançat el segle XII, l'afavorien amb importants donacions i s'hi feien enterrar, però després ja gairebé no se'n recordaren. Fa l'efecte que aquest monestir, fundat pràcticament per dues vescomtesses, fou sempre el lloc preferit de les dones del llinatge dels Osona-Cardona, al qual feien llegats més importants que a la mateixa canònica de Cardona.
Els bisbes de Vic, que en alguns moments intervingueren activament en la vida del monestir, foren de bon principi protectors decidits de Casserres. Però els despoblaments dels segles XIV i XV i la manca d'entrada de diners dels censos o rendes del monestir, van marcar una forta davallada per al cenobi. L'endeutament era gran i l'estat material del monestir també era força lamentable.
L'any 1572 aquest priorat i tots els seus béns es van unir al col·legi dels jesuïtes de Betlem de Barcelona, del qual fou una simple possessió o granja. Però aquest domini es va acabar amb l'expulsió decretada pel rei Carles III el 1767.
Posteriorment va passar a mans de particulars: la família Arisa-Pallàs de Les Masies de Roda, que el va mantenir com a masoveria, fins que l'any 1991 el va adquirir el Consell Comarcal d'Osona amb la finalitat de portar a terme, juntament amb la Generalitat de Catalunya, la restauració del conjunt del monestir durant els anys 1994 a 1998.
Actualment el monestir alberga una exposició de caràcter permanent on s'interpreta la vida dels monjos a Casserres, mitjançant la recreació de les sales que han conservat la mateixa disposició al llarg dels segles, així com un audiovisual on s'explica la llegenda, la història i el procés de construcció del conjunt monàstic.